1. 遗传学和基因组学
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  1. 马鞭草帕利亚雷斯˚F  Is a corresponding author
  1. 普林斯顿大学,美国
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抽象

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正文

,虽然大多数在人类基因组3000亿个核苷酸的是每个人在这个星球上一样,有90位对可以改变百万个人之间。在人类就在于这些90000000个遗传变异的所有表型变异的来源,并在他们之间的相互作用相互之间以及与环境。识别在一个特定性状的处理程序所涉及的遗传变异(如身高或疾病状态)是生物学一个长期的目标。

如今,研究人员依靠全基因组关联分析(GWAS)发现遗传变异是相关的特定特征。 GWAS分析中的个体基因组是看是否遗传变异在感兴趣的性状特别相关有了变化。 GWAS结果已经确定了数以百计的变种基本表型人类,小鼠,果蝇,水稻​​,玉米,和其他许多类群的变化。然而,尽管有大量的等位基因已使用ESTA技术鉴定的,表型变异的他们只是解释量是什么双胞胎的研究预测分数,血统是遗传的。例如,双胞胎研究已显示出在人类高度变化的约80%可通过遗传因素来解释(Silventoinen等人的,2012)。然而,最好的供电GWAS的结果只有20%左右的解释这种变化(等的木材。2014年)。 ESTA差距是被称为“丢失的遗传问题”。

Rare and low-frequency genetic variants (which have allele frequencies of <1% and <5% respectively) have been proposed as one explanation for the missing heritability problem (reviewed in 吉布森,2012大发棋牌app 图1a王文浩等人的,2015年; Peter等的。,2018)。可能是在众目睽睽下丢失的遗传隐藏,但是到现在为止,研究在性状变异稀有等位基因的效果由多个基因的影响是极其困难的。现在,在澳门赌场网站,两个独立小组报告了实验对酵母的结果表明,这表明罕见变异有在群体水平的表型变异了至关重要的作用。

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天然等位基因频率在酵母中的分离物,并在试验群体。

(A基于)对已知的基因组1011的一项研究,在酵母中的遗传变异体的93% 酿酒酵母 are rare (that is, they have a frequency <1%; blue). Moreover, just over 508000 variants (31% of the total; dotted blue) were found in just 1 of the 1011 genomes studied. However, genome-wide association studies (GWAS) tend to focus on the 7% of genetic variants that are common (that is, have a frequency >1%; pink). (B)一种罕见的等位基因的频率可以通过杂交来分离酵母携带罕见变体随着隔离与替代(更常见的)变体来增加。到obtener各种具有在不同的遗传背景的特定等位基因罕见分离物,携带罕见变体的分离物(等位基因A,暗红色)可以与若干不同分离随着替代等位基因杂交(等位基因克,粉红色,黄色,蓝色,灰色)。其结果是,是更频繁的等位基因在实验面板比在亲代菌株,使其适合于GWAS分析。重要的是,不管频率的到达在实验面板中的任何等位基因,真正的固有频率可以的1011个基因组酵母(分图a)集合中查找。

在一个巨大的努力,两组独立选择一组来自世界各地的野生驯化酵母株,并越过他们产生成千上万株的遗传多样性面板(图1b)。它们彼此交叉,然后暴露于超过35个不同的条件和定量通过测定菌落大小平均其生长。作为交叉方案的结果是,遗传变异体存在于这只是被一个或几个酵母分离株现在数百个样品的实验板是本(图1b)。 ESTA允许的群体包括大量罕见变异在GWAS分析(高达总量的28%):很多这些变异会排除传统已经GWA研究,由于其低频等位基因。

Both groups independently identified thousands of genetic variants associated with growth, and estimated that over half of growth variance can be attributed to additive effects. To determine how variants with different frequencies contributed to phenotypic effects, variants were classified into either rare (<1%) and common (>1%) (等开花到。,2019), or rare (<1%), low frequency (1–5%) and common (>5%) (Fournier等的,2019)。这是根据1011个分类酵母酵母基因组代表全球生物多样性(图1a; Peter等的。,2018)。引人注目的是,罕见的变异贡献了不成比例在这两项研究的表型变异。

在一项研究中约瑟夫Schacherer和同事在斯特拉斯堡大学 - 包括TEO FOURNIER作为第一作者 - 发现GWAS结果中的16%的等位基因罕见的,即使他们由仅有4%的所有在实验中使用的变异(Fournier等的,2019)。在另一项研究中约书亚布鲁姆,列昂尼德Kruglyak和加州大学洛杉矶分校一半以上的同事估计,该变化可以通过罕见变异的解释观察到的生长,甚至当他们代表的只是28%的变体使用(等开花到。,2019)。在加州大学洛杉矶分校的团队还发现,在GWAS的罕见变异检测往往有较大影响的大小比常见的变异,往往会降低增长的能力,并趋向于最近在进化过程中已经出现。

这些结果最近加盟的努力探索在复杂性状罕见变异的影响。人类身高已经-被证明罕见的变异已经影响大小十倍常见的变异较大(Marouli等人的,2017年)他们帐户和在一起,对于大多数失踪遗传率这一特质(wainschtein等的。,2019)。并联,它是估计为至少在人类遗传的基因表达的四分之一是通过罕见变异占(Hernandez等的。,2019)。其实人类,以及酵母,罕见的变异与复杂性状的贡献现在是毋庸置疑的表明,它可能是在其他物种的相同。然而,在处理这个问题有了更大的基因组和生物不适合穿越方案仍然充满挑战。但请放心,会想办法的研究人员。

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    (2014)
    自然遗传学 46:1173年至1186年。
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文章和作者信息

作者详细信息

  1. 马鞭草帕利亚雷斯˚F

    马鞭草帕利亚雷斯˚F 是普林斯顿大学的刘易斯 - 西格莱尔研究所综合基因组学和生态学系与进化生物学,美国普林斯顿

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    pallares@princeton.edu
    利益争夺
    没有利益冲突的声明
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出版历史

  1. 记录的版本发布: 2019年12月4日(版本1)

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©2019,帕利亚雷斯

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